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科技服务 MeDIP甲基化测序
表观遗传学研究服务-MeDIP甲基化测序

Christine Guo Lian,Yufei Xu,et al. Loss of 5-Hydroxymethylcytosine Is an Epigenetic Hallmark of Melanoma, Cell, 2012, 150, 1135-1146.

http://dx.doi.org/10.1016/j.cell.2012.07.033

 

研究背景

 

1. 5mC的DNA甲基化是各种生物和病理过程中一个非常关键的遗传标记。5mC 可以由10-11易位(TET)家族的酶氧化为5hmC。

2. 黑色素瘤是一种独特的,高度侵略性的癌症类型,5hmC减少是黑色素瘤在诊断和预后中的一个关键遗传标记。IDH2和TET家族酶的下调可能是影响黑色素瘤的5hmC减少。通过MeDIP-seq和hMeDIP-seq测序,直接利用IDH和TET相关表观遗传途径来介导5-HMC抑制黑色素瘤发生的进程,为表观遗传学癌症治疗提供新方法。


研究方法

 

1. 提取人类黑色素瘤、良性痣、黑色素细胞基因组DNA。

2. MeDIP-seq 和 hMeDIP-seq测序。

3. 数据分析。


分析结果
 

1.全基因组比对了人类良性痣和黑色素瘤组织的5hmC分布,在良性痣基因组中,5hmC主要集中在基因富集区域,并鉴定了54,4545个5hmC 峰,与转录基因相关的有1,7468个。而在黑色素瘤中鉴定3,3625个5hmC 峰,其中只有3219个与转录基因相关。

 

2. 良性痣的5hmC重叠区域是黑色素瘤(粉红色)的5倍以上, 在TET2过表达细胞的5hmC 峰比TET2 M(catalytically inactive mutant) 过表达细胞异常增多(蓝色)(>5倍),根据峰值的位置,相关的基因都位于在基因启动子或基因本身。

 

参考文献

 

[1] Carvalho RH, Haberle V, Hou J, et al. Genome-wide analysis of aberrant methylation in human breast cancer cells using methyl-DNA immunoprecipitation combined with high-throughput sequencing. BMC Genomics, 2010, 11:137 doi :10.1186/1471-2164-11-137.

[2] Li Q, Li N, Hu X, et al. Genome-wide mapping of DNA methylation in chicken. PloS one, 2011, 6:e19428. doi:10.1371/journal.pone.0019428.

[3] Christine Guo Lian,YufeiXu,et al. Loss of 5-Hydroxymethylcytosine Is an Epigenetic Hallmark of Melanoma,Cell,2012,150,1135-1146.

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